Η Έλενα Μάρκου έχει σπουδάσει νομικά στη Νομική Σχολή Αθηνών και κατέχει μεταπτυχιακό δίπλωμα στην Διεθνή και Ευρωπαϊκή Νομοθεσία για τα Ανθρώπινα Δικαιώματα (Νομική Σχολή του Πανεπιστημίου του Νότιγχαμ). Είναι μέλος του Δικηγορικού Συλλόγου Αθηνών και εργάσθηκε ως δικηγόρος. Το 2003 ξεκίνησε να εργάζεται ως ειδική επιστήμονας στον Συνήγορο του Πολίτη, στον Κύκλο Δικαιωμάτων του Ανθρώπου, σε υποθέσεις προσωπικής ασφάλειας, προσωπικής ελευθερίας καθώς και δικαιωμάτων μεταναστών και προσφύγων. Έχει εκπροσωπήσει τον Συνήγορο του Πολίτη σε ευρωπαϊκά και διεθνή όργανα, σε επιτροπές της Βουλής, σε ομάδες εργασίας υπουργείων και σε ευρωπαϊκά προγράμματα.
Έχει διατελέσει συντονίστρια της ομάδας του Συνηγόρου του Πολίτη ως Εθνικού Μηχανισμού Πρόληψης των Βασανιστηρίων, τον οποίο και εκπροσώπησε στο Συμβούλιο της Ευρώπης και σε επιτροπές του ΟΗΕ.
Την περίοδο 2016-2019 διετέλεσε επιστημονική σύμβουλος στο Υπουργείο Δικαιοσύνης, Διαφάνειας και Ανθρωπίνων Δικαιωμάτων, σε θέματα, μεταξύ άλλων, προστασίας των δικαιωμάτων των κρατουμένων, εναλλακτικών της κράτησης μέτρων, διαφάνειας και λογοδοσίας του προσωπικού των φυλακών και βελτίωσης των συνθηκών κράτησης. Από το 2019 εργάζεται στη Βουλή των Ελλήνων ως σύμβουλος σε θέματα αρμοδιότητας του Υπουργείου Μετανάστευσης και Ασύλου και του Υπουργείου Προστασίας του Πολίτη.
Η Έλενα Μάρκου είναι Αντιπρόεδρος της Ελληνικής Ένωσης για τα Δικαιώματα του Ανθρώπου και αναπληρωματικό μέλος της Εθνικής Επιτροπής για τα Δικαιώματα του Ανθρώπου.
